【Experimental Log】2015/2/24

5 Sample:a2 (B. aristatoserrulata), a5 (B. aristatoserrulata, not sure), r1 (B. ravenii), CP (B. aristatoserrulata), CP68 (B. kawakamii)

使用分光光度計 (2+98 uL),測濃度是否足夠。a5: 336.5 ug/mL, 1.95 260/280, 2.29 260/230。a2:126.5 ug/mL, 1.78 260/280, 2.57 260/230。r1: 133.5 ug/mL, 2.03 260/280, 1.98 260/230。CP68: 21.9 ug/mL, 1.45 260/280, 0.41 260/230。CP: 13.2 ug/mL, 1.29 260/280, 0.37 260/230。

RAD實驗要求:protocol中,每個樣品起始使用量為 1ug 的gDNA (體積不超過44uL,和Brendan做的時候,最後TE buffer僅加45mL;和宜軒學姊做,他加200mL,故總體積和濃度有差)。每個樣品都準備 3ug 的起始量。計算ex: 舉r1為例,133.5*(43/1000)=5.7405 ug  [133.5是測到的r1的濃度(ug/mL),43是DNA樣品的總量(uL),1uL=0.001mL],5.7405 ug > 3 ug [r1濃度足夠],43 uL,亦沒有超過44*3uL (要處理成三管,故乘三),所以符合實驗所需。舉CP為例,13.2*(200/1000)=2.64 ug2.64 ug3 ug [CP濃度不足夠]。

所有樣本已編成我的編號CP開頭https://docs.google.com/spreadsheets/d/1g78hg1sslijTGtFi5ocrpp1w78b0KeIYEjZqtnKafNY/edit#gid=0 (a5: CP0091, a2: CP0090, CP: CP0082…) 之後就使用Champ Berberis Sample List中的CP開頭編號。

Next: 雖然濃度足夠,但內容物的品質是否夠好?DNA跑膠?還是?希望在3/2之前拿出樣本做。如果可以,想使用r1 (或那系列的B. ravenii) 和CP68 (B. kawakamii),這樣就可以在兩分支中 (Brendan的世界小檗樹,台灣那支系) 在其中各取一個sample,也各取兩種實驗protocol (Brendan和宜軒的方法),拿去測試RAD實驗,哪種合適或較好。上次PCR的a5沒有P出來,但測出的濃度極高,是為什麼?

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