【Experimental Log】2015/3/3

1 Sample:CP69 (B. kawakamii)

DNA extraction 1: EasyLid (with 宜軒,測量葉片用量為0.05g,總體積為100 ug。)

NanoDrop (曲老師實驗室):CP69 (B. kawakamii):105.0 ug/mL, 1.37 260/280, 0.69 260/230 (曲線很糟糕,有嚴重雜質)

                                                                             

5 Sample:CP59 (B. nantoensis), CP65 (B. kawakamii), CP67 (B. kawakamii), CP82 (B. aristatoserrulata), CP89 (B. aristatoserrulata)

DNA extraction 2: EasyLid (with 宜軒,測量葉片用量為0.05g,總體積為100 ug。)

NanoDrop (曲老師實驗室):CP59 (B. nantoensis): ug/mL, 260/280, 260/230, CP65 (B. kawakamii):-2.4 ug/mL, 0.43 260/280, 0.66 260/230 , CP67 (B. kawakamii):63.6 (重複測:56.7) ug/mL, 1.79 260/280, 2.16 260/230 , CP82 (B. aristatoserrulata):-1.0 ug/mL, 0.20 260/280, 0.02 260/230 , CP89 (B. aristatoserrulata):36.2 ug/mL, 2.62 260/280, -1.47 260/230 (除了CP67以外,其餘濃度皆不夠,或說是根本沒有濃度可言。)

                                                                             

Big problems !!! 1. 以使用更多葉片 (約為之前使用的兩倍量),若雜質高 (DNA extraction 1的結果),就用WS buffer多洗幾遍。(DNA extraction 2,便洗了四次,直到洗出液無色為止),卻發現DNA濃度幾乎沒有 (不確定是否有因果關係)。 2.同樣的發法,同一批的實驗 (DNA extraction 2),得到的結果卻完全不同,有的達符合標轉,有的DNA卻根本濃度零。3. 出現問題的地方沒有一致性,即使很新的Sample (如 CP82) 依然沒有濃度。

Next:1. 換使用C tab抽。2. 問Brendan。3. 整理出可以用的Sample。

To Champ:希望能快點釋出一個穩定的方法,希望能在三月結束之前… 若無法,可能就還無法進行RAD-seq了,就讓宜軒學姊先做。

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