【Experimental Log】2015/3/16-17

2 Sample:CP61 (B. kawakamii), CP84 (B. aristatoserrulata)

RAD-seq technology library:從第二步驟到DNA的濃縮與片段篩選。後面還有DNA 破裂端修補反應和P2 adapter連結反應,預期3/23繼續。

Qubit:CP61 (B. kawakamii):84.1 μg/μL (原NanoDrop:178.4 μg/μL);CP84 (B. aristatoserrulata):85.0 μg/μL (原NanoDrop:70.8 μg/μL) [品質和濃度皆足夠做三重複,但濃度間的差異依然無解。] → 通過限制酶切割要求。(2015/3/16,過夜)

Barcode P1 Adapter + Sample:CP61 (B. kawakamii) – P1-22 (CCCCA);CP84 (B. aristatoserrulata) – P1-23 (CCGGT)

DNA random shearing:21分鐘為基本震碎時間(3次循環),取1ul DNA進行電泳,確認震碎情況。若未達目標大小,則每7分鐘確認一次片段大小。 [3次循環震盪後跑膠,發現片段已大概集中在300-500 bp即可。] → 通過震盪片段大小要求。

DNA的濃縮與片段篩選:濃縮:使用MinElute管柱要記得要靜置。片段篩選:要看膠圖再決定是否要兩邊都要0.6和0.8倍的磁石都要加?(是否有大於500bp?或有小於200bp?在看,否則會篩掉太多原本要的。) [300-500 bp:52.2 μg/μL;500 bp ↑:72.4 μg/μL。顯然500 bp ↑洗掉的濃度太高了,是否需要震碎?]

Note:一切都還算順利。謝謝。不知道要謝誰,就謝天吧。

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