【Experimental Log】2015/3/3

1 Sample:CP69 (B. kawakamii)

DNA extraction 1: EasyLid (with 宜軒,測量葉片用量為0.05g,總體積為100 ug。)

NanoDrop (曲老師實驗室):CP69 (B. kawakamii):105.0 ug/mL, 1.37 260/280, 0.69 260/230 (曲線很糟糕,有嚴重雜質)

                                                                             

5 Sample:CP59 (B. nantoensis), CP65 (B. kawakamii), CP67 (B. kawakamii), CP82 (B. aristatoserrulata), CP89 (B. aristatoserrulata)

DNA extraction 2: EasyLid (with 宜軒,測量葉片用量為0.05g,總體積為100 ug。)

NanoDrop (曲老師實驗室):CP59 (B. nantoensis): ug/mL, 260/280, 260/230, CP65 (B. kawakamii):-2.4 ug/mL, 0.43 260/280, 0.66 260/230 , CP67 (B. kawakamii):63.6 (重複測:56.7) ug/mL, 1.79 260/280, 2.16 260/230 , CP82 (B. aristatoserrulata):-1.0 ug/mL, 0.20 260/280, 0.02 260/230 , CP89 (B. aristatoserrulata):36.2 ug/mL, 2.62 260/280, -1.47 260/230 (除了CP67以外,其餘濃度皆不夠,或說是根本沒有濃度可言。)

                                                                             

Big problems !!! 1. 以使用更多葉片 (約為之前使用的兩倍量),若雜質高 (DNA extraction 1的結果),就用WS buffer多洗幾遍。(DNA extraction 2,便洗了四次,直到洗出液無色為止),卻發現DNA濃度幾乎沒有 (不確定是否有因果關係)。 2.同樣的發法,同一批的實驗 (DNA extraction 2),得到的結果卻完全不同,有的達符合標轉,有的DNA卻根本濃度零。3. 出現問題的地方沒有一致性,即使很新的Sample (如 CP82) 依然沒有濃度。

Next:1. 換使用C tab抽。2. 問Brendan。3. 整理出可以用的Sample。

To Champ:希望能快點釋出一個穩定的方法,希望能在三月結束之前… 若無法,可能就還無法進行RAD-seq了,就讓宜軒學姊先做。

廣告

【Experimental Log】2015/3/2

5 Sample: CP92 (r1, B. ravenii), CP91 (a5, B. aristatoserrulata, not sure), CP48 (B. nantoensis), CP51 (B. kawakamii), CP68 (B. kawakamii)

DNA 跑膠 (使用2 ug DNA):CP91 很明顯 (濃度不知為何爆高的一支),其餘的都很淡,或幾乎沒有。

RAD-seq (下午三點,到農藝系陳凱儀老師實驗室,由學姊講解。搭配《RAD library 建構 protocol》文章一起食用。) 今天主要做 §1.2,DNA定量部分。4 Sample: CP92 (r1, B. ravenii), CP91 (a5, B. aristatoserrulata, not sure), CP51 (B. kawakamii), CP68 (B. kawakamii)。使用 Quant-iT 測濃度 (主要特色為,此機器會附上一瓶Reagent螢光劑,他只和抓在雙股上,單股如RNA便會側不到,可精確測到DNA而已。缺點為,此機器容易因問度而有誤差,每個測量樣本間都要隔15秒。) CP91 (a5, B. aristatoserrulata, not sure):分光光度計: 336.5 ug/mL, 1.95 260/280, 2.29260/230;Quant-iT:80.1 ug/mL, NanoDrop:625.8 ug/mLCP92 (r1, B. ravenii):分光光度計:133.5 ug/mL,2.03 260/280, 1.98 260/230;Quant-iT:49.5 ug/mL, NanoDrop:258.7 ug/mLCP51 (B. kawakamii):分光光度計:206.3 ug/mL, 1.27 260/280, 0.69 260/230;Quant-iT:30.4 ug/mL, NanoDrop:296.8 ug/mLCP68 (B. kawakamii):分光光度計:21.9 ug/mL, 1.45 260/280,0.41 260/230;Quant-iT:2.14 ug/mL, NanoDrop:2.7 ug/mL

Big problems !!! 1. 所有和自己在實驗室用分光光度計的濃度完全不同,也不夠實驗所需!而且有將近三到四倍的差異!2.雜質偏高 (蛋白質和鹽類!)

Next:試圖解決Bp1.:可能要先去和曲老師研究室借用他們測濃度 (否則差太多)。濃度不夠部分,要開始測試是否要增加放進去的sample (希望能將其數值量化,測出需要用多少克的葉子sample。) 寧願濃度太高再稀釋。若依然,其中的DNA量不夠,那可能同樣的sample就要多做幾管再混合。結果發現,使用Brendan的微調protocal,會比較好,其主要差別 (和Kit標準步驟) 僅在於在第一步要將樣本吸起吐入shearing tube中前,會先去離心,讓髒東西沉積,再抽取;以及最後TE buffer 的量,僅加入45 ug (Brendan僅為了方便在之後的PCR程序而已)。Bp2.:要加RNAase,分解掉RNA,以免誤導濃度偏高假象。鹽類汙染部分,可能和kit中的PX1或2有關,要算準比例,以免太多而殘留造成汙染。

To Champ:有點失望的結果,才剛起頭,希望能一次一次解決問題,別灰心!

【Evolutionote】偉大的玉米濃湯。

『生命怎麼開始的?』我們都很好奇,混雜著宗教和科學間的角力,這也此問題有趣的地方。我想由我所讀出發,也做一些筆記。我想在說之前,有一點要先記下來:在此時此刻的2015年,沒有所謂的時光機回到過去。所以,所有關於已經發生過的事件,我們都沒有所謂的正確答案,我們僅是再找一些疑似是答案的答案罷了。(光是這樣,那些所謂疑似的答案就讓夠多人登上時代雜誌的封面,也讓一群溫文儒雅的科學家們吵得不可開交了。)

人類都在努力找尋起源,除了神話故事以外。最讓人類振奮的第一個事件,應當就是米勒的煮湯實驗了,我想這也是料理界最偉大的一碗湯。湯的材料有:氨氣、甲烷和氫氣 (米勒自己覺得的當時地球誕生的氣體們。) 再其中打入一些閃電,就這樣持續了幾個月,這碗湯便一煮成名天下知,一煮就煮出了有機分子,也包刮了建構蛋白質的氨基酸惹。(厲害的點是,想像一下,你只是在鍋子裡放了一個屁和氫氣,打個閃電,還不是打蛋,就煮出了生命。) 當然啦,這個理論問題重重。簡單說,像是一開始,科學家拿太古岩石去分析,發現以前根本沒有充滿過氨氣、甲烷和氫氣,阿就是,沒有買到食材,怎麼煮成湯?想當然耳,這碗湯就被嫌棄啦,像是沒有玉米的玉米濃湯一般。但想想,如果本地沒有種玉米可以煮湯,還有什麼方法?那就進口呀!隨後科學家在外太空進口的慧心和隕石上發現大量玉米一般。於是拯救了這碗玉米濃湯。

當各位開心的品嘗玉米濃湯的同時,才發現,這碗湯‧不‧太‧單‧純。我們想想,要是我們只是把所有的食材滅菌後丟在鍋子裡,放個一百年會有小雞跑出來嗎?當然不會。科學家更發現,雖然閃電可以把分子們黏成一坨,但更有可能把他們劈散。所謂的熱力學理論說了,如果沒有其他動力讓這些分子自己進步, 一直到產生成複雜的生命,否則最後就只是一小攤熱水而已。這碗米勒牌生命誕生的濃湯理論,在羅素的眼裡,就像是把車子引擎拔掉之後,就希望自己可以駕駛自己一樣。

那如果濃湯沒辦法煮成小雞,那還有什麼方法?阿,羅素是誰?(讀書筆記就先做到這兒)

【《生命的躍升》摘要+心得】