【Trekking Log】20150515-18清水山

和老趙、嘉豪、之毅、高蹺鴴。

今日,用一種很沒效率的方式,準備著專討。望著窗外,梅雨在我們下山後的兩天到來。那幾天,給了一個會曬傷的波長,清水山,一路上的濕與悶,緊緊跟著我們的腳步,衣服從未乾過。聽著太魯閣族人的故事,緩緩地迴轉,山谷間。幾盞奢侈的燈,亮著。這裡的孤獨,原來只是常態。山頂,洶湧的雲成海,刺眼依舊,石灰岩塊,沒有路跡可循,清水山小檗就長在那裏。沒有發現太魯閣小檗,悵然。關於山,似乎相遇就是幸運,沒有得到本是常態。

「But, it’s wet and rainy.」
「It’s life.」
「?」
「We can expect sunshine, but we don’t have selection.」

/

發現保存厚又小類型葉子的方式了。放入矽膠乾燥的同時,放進低溫保存。

廣告

【Experimental Log】2015/5/10-11

6 Sample:CP94 (B. ravenii), 709 (B. mingtsuensi), 720 (B. hayatana), 745 (B. aristatoserrulata), 747 (B. schaaliae), 783 (B. breviesepala)

DNA extraction:CTab (測量葉片用量為CP94和709為0.04 g,720和745為0.1 g,747和783為0.12和0.15 g。)。在65度時放入搖晃機中,約莫一小時,此次只用震盪機 (50 1/s*3 mins)*3 (一顆大、兩顆中、一顆小鋼珠),開始前要將葉子先撥碎。總體積用50 (-1) ug去溶。皆有過Colum。

NanoDrop (曲老師實驗室):CP94 (B. ravenii)180.1 ug/mL, 1.87 260/280, 2.22 260/230, 709 (B. mingtsuensi)105.0 ug/mL, 1.81 260/280, 1.94 260/230, 720 (B. hayatana)219.4 ug/mL, 1.83 260/280, 1.95 260/230, 745 (B. aristatoserrulata)207.6 ug/mL, 1.79 260/280, 1.7 260/230, 747 (B. schaaliae)198.7 ug/mL, 1.83 260/280, 2.05 260/230, 783 (B. breviesepala)14.2 ug/mL, 1.69 260/280, 0.69 260/230。[除783外,其他曲線OK!!!]

Note:這次抽了五個舊的sample。表現都在預期之內。高山小檗 (葉厚,顏色也以偏墨綠到咖啡) 在舊的sample裡,實在保存情況最糟。依目前情況,應該要想辦法出野外採集種類。要再找時間挑舊sample。

【Experimental Log】2015/5/6-7

6 Sample:719 (B. hayatana), 722 (B. hayatana), 705 (B. mingtsuensis), 821 (B. mingtsuensis), CP123 (B. nantoensis), CP96 (B. ravenii)

DNA extraction:CTab (測量葉片用量為719、722和705為0.1 g,其餘為0.05 g)。在65度時放入搖晃機中,約莫一小時,此次只用震盪機 (50 1/s*3 mins)*3 (一顆大、兩顆中鋼珠),開始前要將葉子先撥碎。總體積用50 (-1) ug去溶。皆有過Colum。

NanoDrop (曲老師實驗室):719 (B. hayatana)970.5(1070.8) ug/mL, 2.11(2.13) 260/280, 1.98(2.04) 260/230, 722 (B. hayatana)202.5 ug/mL, 1.82 260/280, 1.81 260/230, 705 (B. mingtsuensis)455.2 ug/mL, 2.09 260/280, 2.09 260/230, 821 (B. mingtsuensis)59.3(41.5) ug/mL,1.84(1.89) 260/280, 1.83(2.81) 260/230, CP123 (B. nantoensis)69 ug/mL, 1.83 260/280, 2.34 260/230, CP96 (B. ravenii)124.4 ug/mL, 1.85 260/280, 2.36 260/230。[除821,有些曲線波後還是有一點點雜質。]

Note:這次試了四個舊的sample,也是不同物種。這次都有抽到DNA (挑sample的技能有提升一點點)。也有抽了之前保存困難的物種,像是南投小檗(太厚)或早田氏小檗(太薄)的問題,也能知道怎樣的狀況OK。主要問題為:有幾支 (821、CP1123、CP96) 有雜質。我覺得我有點Gay敖,自以為很乾淨,在第二步過kit的colum時,WS只洗一次。(但也是擔心濃度被洗掉太多…唉,兩難。) 下次還是乖乖過兩次。突然這次的濃度有點高,而且大部分有做出來,反而又開始擔心,會不會是Nano drop壞了?還是都是汙染?實驗失敗本來就擔心,成功也要擔心,生活被實驗結果所左右,實在是很糟。要繼續加油吧。

OD260: 測DNA, RNA (核酸);OD280: 測protein;OD230: 測鹽類。OD260/OD280: 1.7~1.9,1.8為佳 (DNA);1.9~2.1,2.0為佳 (RNA),低表protein汙染。OD260/OD230: 2.0~2.4 (DNA);1.8~2.0 (RNA),低表鹽類汙染 (不要低於1.5)。

【Experimental Log】2015/5/3-4

6 Sample:760 (B. schaaliae), 726 (B. aristatoserrulata), CP115 (B. schaaliae), CP92 (B. ravenii), CP97 (B. hayatana), CP116 (B. tarokoensis)

DNA extraction:CTab (測量葉片用量為760和762為0.1 g,其餘CP系列皆為0.05 g, CP116為0.09)。在65度時放入搖晃機中,約莫一小時,此次只用震盪機 (50 1/s*3 mins)*3 (一顆大、兩顆中、兩顆小鋼珠),開始前要將葉子先撥碎。總體積用50 (-1) ug去溶。皆有過Colum。

NanoDrop (曲老師實驗室):760 (B. schaaliae)155.1(111.7) ug/mL, 1.86(1.93) 260/280, 2.19(5.68) 260/230, 726 (B. aristatoserrulata)77.8 ug/mL, 1.85 260/280, 2.17 260/230, CP115 (B. schaaliae)69.5 ug/mL, 1.85 260/280, 2.40 260/230, CP92 (B. ravenii)15.5 ug/mL,1.74 260/280, 0.92 260/230, CP97 (B. hayatana)21.2 ug/mL, 1.91 260/280, 21.2 260/230, CP116 (B. tarokoensis)170.7 ug/mL, 1.39 260/280, 0.68 260/230。[760, 726, CP115 曲線OK!!!]

Note:這次做了五種不同種的小檗。也有同種(花蓮小檗)新舊(2015和2009)的比較。發現,種在抽取DNA的品質差異很大。明顯發現,花蓮小檗的保存皆較優。有幾個特點:厚薄 (如 太魯閣和南投算厚;早田氏和南台灣算薄;台灣和長葉這類算適中,在老葉和嫩葉亦存在同樣狀況。) 顏色 (有黑斑、或放太久已全變深咖啡,已經無法使用;但咖啡偏綠粉綠情況為最佳。) 大小 (越完整,越大越好,故老葉為佳,保存時盡量不要壓碎,在採的時候也要盡量挑大的葉子。) 保存的方式似乎沒有差異太大,皆由矽膠乾燥,故變因主要就為葉片本身。尚未找到厚葉或薄葉類型的小檗要如何抽到最高品質DNA,假設為:新鮮時,最好一個禮拜內實驗。(使用溫室活體做測試。) 此次實驗皆此用鋼珠震盪機打碎。

繼續加油。