【Experimental Log】2016/02/03-04

5 Sample:760(B. schaaliae), 226(B. alpicola), 227(B. alpicola), 228-2(B. barandana), 229-2(B. barandana), 229-1(B. barandana), 229-1(B. barandana), 107-5 (構樹)

比較純化不同kit: Monarch DNA Gel extraction kit (NEB), T1020S, AJ innuprep DoublePure kit, Wizard® DNA Clean-Up System (Promaga)

DNA定量:Qbit


 

20160203 Promaga vs Monarch

原始:226:100 ng/uL, 227:52.0 ng/uL, 228-2:x, 229-2:0.106 ng/uL (228-2, 229-2為B. barandana,來自英國熊爺爺,但保存很糟糕,抽完DNA後顏色就很重。就先使用Promaga純化,DNA回溶後,視覺上顏色已經清澈。但在Qbit定量後發現幾乎沒有濃度。我將得到的兩個B. barandana的Sample各抽成兩管,故分成228-1, 229-1 (CTAB後的"髒"源液) 和228-2, 229-2 。)

過程:226使用Promaga (想比較Promaga在其他高濃度DNA的樣本表現, vs 228-2和229-2),227, 228-1, 229-1使用Monarch (比較使用前後DNA濃度,以及同個體在不同純化kit後留下的DNA量的差異。)。

結果:226過Promaga後剩下0.36 ng/uL (原來為100 ng/uL)。227過Monarch後為57.2 ng/uL (原來為52.0 ng/uL)。228-1過Monarch後為6.2 ng/uL (過Promaga的228-2無濃度)。229-1過Monarch後為15.1 ng/uL (過Promaga的229-2為0.106 ng/uL)。

結論:

  1. Promaga的純化後效果很差,幾乎也把DNA濃度洗掉。
  2. Monarch的純化效果好。很髒的原液過kit後,還能留下DNA濃度,亦能將視覺髒色洗淨,明顯優於過去kit (過去髒色洗不掉,如之前過的Colum;或者Promaga,留不住DNA)。

 

20160204 AJ測試

原始:107-5 (構樹):too high, 第二次稀釋十倍:25.4 ng/uL (nanodrop:1942.8 ug/mL, 1.81 260/280, 1.35 260/230。CTAB後的原液,視覺上有懸浮物。), 760:104 ng/uL。

過程:使用 AJ innuprep DoublePure kit

結果:107-5 (構樹):too high (靠杯忘記稀釋就又測Qbit,但視覺上已清澈。), 760:93ng/uL (原始為104 ng/uL)。

結果2 (nanodrop):107-5 (構樹):325.5 ug/mL, 1.74 260/280, 1.85 260/230;760:61.4 ug/mL, 1.9 260/280, 1.69 260/230;228-1和229-1:沒測到濃度。

結論:AJ innuprep DoublePure kit效果依然不錯。依然對nanodrop沒什麼好感。

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