【Data process】2016/5/24

2016/4/19 送Berberis0418上機。【Experimental Log and Tips】2016/4/18

2016/5/13 收到data:

User Name: 黃郁嵐
Project folder: 20160419_S1_sd220A_Kuo_Fang_Chung
Library ID: LGL16_JA01
Sequencer: HiSeq
Read length: SR 101 nt

20160514 process_radtags (Stacks)

process_radtags -f ./Berberis0418.fastq.gz -b ./barcode20160514.txt -o ./ -e pstI -i gzfastq -c -q -r

– debarcode的過程。

20160515 denovo_map.pl (Stacks)

denovo_map.pl -s ../alpicola.fq.gz -s ../aristatoserrulata1.fq.gz -s ../aristatoserrulata2.fq.gz -s ../aristatoserrulata3.fq.gz -s ../baradana1.fq.gz -s ../baradana2.fq.gz -s ../breviesepala1.fq.gz -s ../breviesepala2.fq.gz -s ../breviesepala3.fq.gz -s ../breviesepala4.fq.gz -s ../breviesepala5.fq.gz -s ../chingshuiensis1.fq.gz -s ../chingshuiensis2.fq.gz -s ../chingshuiensis3.fq.gz -s ../hayatana1.fq.gz -s ../hayatana2.fq.gz -s ../hayatana3.fq.gz -s ../kawakamii1.fq.gz -s ../kawakamii2.fq.gz -s ../kawakamii3.fq.gz -s ../kawakamii4.fq.gz -s ../kawakamii5.fq.gz -s ../kawakamii6.fq.gz -s ../mingetsensis1.fq.gz -s ../mingetsensis2.fq.gz -s ../mingetsensis3.fq.gz -s ../morii.fq.gz -s ../nantoensis1.fq.gz -s ../nantoensis2.fq.gz -s ../nantoensis3.fq.gz -s ../nantoensis4.fq.gz -s ../pengii1.fq.gz -s ../pengii2.fq.gz -s ../pengii3.fq.gz -s ../pengii4.fq.gz -s ../pengii5.fq.gz -s ../pengii6.fq.gz -s ../ravenii1.fq.gz -s ../ravenii2.fq.gz -s ../ravenii3.fq.gz -s ../schaaliae1.fq.gz -s ../schaaliae2.fq.gz -s ../schaaliae3.fq.gz -s ../tarokoensis1.fq.gz -s ../tarokoensis2.fq.gz -s ../tarokoensis3.fq.gz -s ../wuyiensis1.fq.gz -s ../wuyiensis2.fq.gz -o ./ -t -m 15 -M 1 -n 1 -b 1 -D “Berneris0418 RAD-Tag Samples, m:15;M:1;n:1″ -H -S

– 使用m:15;M:1;n:1 condition,因為之前前測兩個個體,這個condition的matrix size最大。

20160516-17 population (Stacks)

populations -P ../ -b 1 -r 0.75 -t 36 –structure –phylip –vcf –fasta

– 沒有給population的PopulationMap。

– 最後給的phylip裏頭沒東西。

20160518 RAxML-HPC2 on XSEDE (Cipres)

– 餵fasta檔,因為phylip沒東西。

– Cipres不知為何出來後的檔案並不完整,並未出現最佳樹。

20160519 denovo_map.pl (Stacks)

denovo_map.pl -s ../alpicola.fq.gz -s ../aristatoserrulata1.fq.gz -s ../aristatoserrulata2.fq.gz -s ../aristatoserrulata3.fq.gz -s ../baradana1.fq.gz -s ../baradana2.fq.gz -s ../breviesepala1.fq.gz -s ../breviesepala2.fq.gz -s ../breviesepala3.fq.gz -s ../breviesepala4.fq.gz -s ../breviesepala5.fq.gz -s ../chingshuiensis1.fq.gz -s ../chingshuiensis2.fq.gz -s ../chingshuiensis3.fq.gz -s ../hayatana1.fq.gz -s ../hayatana2.fq.gz -s ../hayatana3.fq.gz -s ../kawakamii1.fq.gz -s ../kawakamii2.fq.gz -s ../kawakamii3.fq.gz -s ../kawakamii4.fq.gz -s ../kawakamii5.fq.gz -s ../kawakamii6.fq.gz -s ../mingetsensis1.fq.gz -s ../mingetsensis2.fq.gz -s ../mingetsensis3.fq.gz -s ../morii.fq.gz -s ../nantoensis1.fq.gz -s ../nantoensis2.fq.gz -s ../nantoensis3.fq.gz -s ../nantoensis4.fq.gz -s ../pengii1.fq.gz -s ../pengii2.fq.gz -s ../pengii3.fq.gz -s ../pengii4.fq.gz -s ../pengii5.fq.gz -s ../pengii6.fq.gz -s ../ravenii1.fq.gz -s ../ravenii2.fq.gz -s ../ravenii3.fq.gz -s ../schaaliae1.fq.gz -s ../schaaliae2.fq.gz -s ../schaaliae3.fq.gz -s ../tarokoensis1.fq.gz -s ../tarokoensis2.fq.gz -s ../tarokoensis3.fq.gz -s ../wuyiensis1.fq.gz -s ../wuyiensis2.fq.gz -o ./ -t -m 5 -M 1 -n 1 -b 1 -D “Berneris0418 RAD-Tag Samples, m:5;M:1;n:1″ -H -S

– 使用m:5;M:1;n:1 condition。

20160519 population (Stacks)

populations -P ../ -b 1 -M ./PopulationMap.txt -r 0.75 -p 5 -k -t 36 -f p_value –structure –phylip –vcf –fasta

– 給了PopulationMap的檔案,先分群。雖phylip有東西,但極小。

20160519 RAxML-HPC2 on XSEDE (Cipres)

– Cipres不知為何出來後的檔案並不完整,並未出現最佳樹。似乎是突然結束。

 

一直摸不透RAxML,這樣也不知道要怎麼跑出樹來做比較。