【Data process】2016/6/6

【Data process】2016/5/24

大致上知道一些出錯原因和幾位學長的討論,如下。

沒有給population的PopulationMap → 最後給的phylip裏頭沒東西。

所以要分不同population,20160531時就放了PopulationMap檔案,讓一個個體一個族群,因為不確定分群 (不知道種是否為好的預先分群方式),無法自訂分群,只能先這樣跑,大概看一下誰會組成一個clade。後續再來分群跑。

Cipres不知為何出來後的檔案並不完整,並未出現最佳樹。似乎是突然結束。

我想我給Cipres的檔為fasta檔。但正常來說應當為phylip檔。突然結束或什麼,可能和這有關。

“fasta檔裡面給的是所有你過濾出來之後的allele,就是每一個"stacks"。phylip裡面輸出的是SNP,就是你比對之後所有堪用的SNP。phylip檔中的1,2,3..那些東西應該是可以直接output出population map 裡面的名字 (就是aristatoserrulata,breviesepala….)" 嘉偉學長的指教。

phylip檔:出來的東西就是已族群為單位,每一族群編號後的一列,應當就是最後align完的一整條序列。然後才餵給Cipres吃。如果想要得到一個個體的SNP,那就是把一個個體當一個族群來跑。(這算小撇步嗎?)

“population" 的program導致農藝系server當機問題。

“郁嵐, 我在上周六下午已經重開, 但目前看來, 我又無法遠端進去了,
上周六下午經過我檢視, 我想主要的問題是因為你們跑的東西把實體記憶體用光,
然後開始使用虛擬記憶體, 才會造成這樣的結果,
想請問一下, 你們最後跑的"population"程式, 是獨立的程式嗎?
如果是的話, 我建議你還是另外到Yandi去跑, Yandi有512GB的記憶體,
AgNEC1有96GB, 對一般的工作是很足夠, 但顯然你們跑的是特殊案例。
如果還需要幫忙, 再跟我說。"20160606 甫錦學長的mail通知。

populations -P ../ -b 1 -M ./PopulationMap.txt -r 0.75 “← 一個population只有一個sample沒有意義設這個" -p 5 “← 太低了!!!!至少要半數,ex:48個至少要設24或35″ -k -t 8 -f p_value –structure –phylip –vcf –fasta   20160606 越南Hùng Nguyễn 學長 (洪志銘老師研究室) 的指教。

參數門檻值設太低 → 最後篩選的資料量過大 → 才讓server當機!(目前的預計應為如此)

越南Hùng Nguyễn 學長:『如果denovo_map.pl能跑,照理說population也要能跑。因為他都能在自己的電腦裡面跑了。』『denovo_map.pl跑完後出來的三個檔案:tags, snps, allele』我應該要試著去看裏頭有什麼。『denovo_map.pl設的-m 5 -M 1 -n 1 ,他認為或許-m可以只要2, 3、M和n就設2試試看。』『因為我有一些個體,如morri或alpicola,只有單一個體,若往後要分群,其他的如kawakamii族群就有8個個體,會導致最後可用的locus數量少很多。為降低這樣的bias,就希望能盡可能把其他種的個體挑少一些,以平衡大家都差不多。反正最後也只是以族群 (我是看成種) 為單位。』『Stacks已改版,可克服pyRAD所勝出的缺失 (能否偵測到indel)、可知道不同的種的Depth coverage、BAM檔的問題 (似乎是用在Reference map所需)』

Cipers上面有不同的RAxML版本 (RAxML-HPC BlackBox、RAxML-HPC2 on XSEDE、RAxML-HPC2 Workflow on XSEDE、RAxML-HPC v.8 on XSEDE),以及之中你有下那些參數?

“我们一般用RAxML-HPC BlackBox,只用设计时间,碱基突变速率GTR+G或者+I+G,其他的都不用设置。" 刘路贤 學長的指教。

 

現在就等農藝系server復活了!Q Q

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