【Data process】2016/6/7

20160606 和中研院越南學長討論完回來後,調整了參數 (populations的 -t 的參數),晚上重跑。

哈哈, 學習有時需要試誤呀!
不過我也剛剛也想我說得太滿, 一是你大概還不會估算需要多少記憶體? 二是
Yandi其實不時還有其他人再跑東西, 所以要給你用也是有點擔心啦!
我看到你已經開始在AgNEC1跑, 目前已經用到近70%的記憶體, 可以用"top"這個指
令看到互動畫面, 按"q"可以跳出來
如果又沒辦法登入, 大概有出事了, 再email給我吧

明後天我應該都會在農藝館318寫論文, 如果你需要問些操作上的問題, 可以來問
問, 但不能太久~

(20160606 甫錦學長的mail通知)

20160607

成功收到data,果然是"populations的 -t 的參數"問題。

*注意:Stacks出來的phylip檔的最後面,會多一行:"# Stacks v1.34; Phylip sequential; June 06, 2016″這類東西!要記得先刪掉,才能給Cipres RAxML吃!不然會出現error:顯示"最後有垃圾"而無法跑。

再接著跑Cipres RAxML-HPC BlackBox

得到RAxML_bipartitions的result檔,給FigTree吃。(我人生中的第一次,從葉子到DNA到Library到RAD data到Stacks到RAxML分析到出現樹)

未命名

自製的種階層簡圖如下:

TEST

和游學長的討論:

  1. 和原本用葉綠體跑的樹的假說做比較。原來kawakamii和pengii自成一clade,是明確的。但在RAD的樹中,kawakamii和pengii同種的同個體卻沒有成衣clade,而是有明確的分化現象;兩種之間也沒有形成一個clade。估計他們的族群內結構已出現。先使用當時學長所取樣kawakamii和pengii的地點的個體重跑樹,看是否有成為一個clade。於是出現k2p5的測試,挑選kawakamii2和pengii5,分別來自大雪山和北大武山 (為游學長當年做葉綠體的取樣)。結果出現,確實形成一clade。故將其挑出,再重跑一次。
  2. 除了尖萼clade,圓萼clade內部有了結構了。但因為一開始這部分都沒有解析度,所以可以重新開始寫我的假說。
  3. 定年問題:整合到葉綠體的樹裡來定年。
  4. 目前發現:baradana在裡面而非外面!

你要再繼續explore taroko和bara的關係,要很solid。因為這攸關 菲律賓高山植物的起源。這個關係很重要是因為 照目前你的圖看起來,菲律賓小檗是台灣傳播過去的,這樣我們等於某種程度上解開了菲律賓高地植物相的起源的一部分!是不是很興奮 百年來沒人證實過的!!

(游學長)

 

Next:

  1. 是否能跑出kawakamii和pengii同一clade。
  2. kawakamii和pengii種內、不同地點個體的結構問題。
  3. 可以先不看wuyiensis,他似乎比想像中的和kawakamii的關係還要近。似乎可以用無根樹呈現。

((((以上希望能在端午連假做好。))))

Next’s Next:

  1. 要到美國Botany 2016的poster的進度界線。(自己先想好,要和學長老師討論。)
  2. 其他分析方法的學習。(ex: structure)
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