【Data process】2016/6/10

和游學長討論,目前我的分析方向:

  1. 是否為好種?
  2. 演化關係?(外群問題)

從"外群"下手,kawakamii和pengii是否成clade的三大狀況:

  1. 在RAxML中指定wuyiensis為外群。
  2. 在RAxML中指定baradana為外群。
  3. 不加入wuyiensis,無外群。

 

結果:

↓ 在RAxML中指定wuyiensis為外群。outgroup_wu (20160610v2)

未命名

kawakamii和pengii為grade狀 (16, 21)。

↓ 在RAxML中指定baradana為外群。outgroup_bara (20160610v3)

未命名

kawakamii和pengii為grade狀 (16, 21)。

↓ 不加入wuyiensis,無根樹,無外群。no_wu (20160610v4)

未命名

kawakamii和pengii為一clade (16, 21)。

 

小結:wuyiensis似乎會影響kawakamii和pengii是否為clade或grade。到底是wuyiensis距離kawakamii和pengii的關係是太近?或太遠?在學長使用ndhF+rbcL+accD+ITS+psbA-trnH的樹中:wuyiensis距離kawakamii和pengii的關係是遠的,只是直線距離近而已。所以有可能是"長枝效應"而導致在資料上的誤判?(因為太遠,ATGC的變換已過一輪,又變回原來,兩者間在鹼基上的類似,誤判其關係太近。又尤其RAD的資料相對細緻。) 要去找解決"長枝效應"此狀況的方法 (突變率?) 又或者要如何解釋無根樹?(討論限制?有什麼是不能討論的?參考AFLP。)

在討論後續的演化前,要先弄清楚:樹本身的建構技術上的問題。

 

20160610(kawapengii)

↓ 只放所有的kawakamii和pengii,還有wuyiensis為外群。

未命名

4 (來自向陽山) 以下 (1~6),為kawakamii;以上 (7~12) 為pengii。關於他們的分布,或許有有趣的故事。pengii和kawakamii之間似乎沒有明確的species delimitation 。

 

NEXT:

  1. 放入所有pengii和kawakamii,並且先不放wuyiensis,嘗試建樹。
  2. 試跑STRUCTRUE,怎麼色塊分不開啦!!!@@ 齁 問題在哪。
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