想入門RAD-Seq卻不知從何開始讀的文獻推薦

這篇寫給剛要入門NGS和相關實驗、或是要做RAD-Seq (或Target-enrichment) ,卻不知道要從何找起資料的你:

先釐清幾個名詞概念:

次世代定序Next Generation Sequencing (NGS) :主要以massively parallel sequencing的概念建構的高通量技術,達到同時高速大量的核酸定序。簡單說,他就只是一種定序的概念,不同公司就發展出不同的定序策略,以達到大量、平行定序的目標,常見的公司像是illumina系列。(這部分的介紹、優缺點、和Sanger定序比較很多,網路隨便google都有,中文資料也很多。)

圖書庫 建庫 Library Construction:要餵給NGS定序機器之前的實驗步驟(可以自己做或給別人做)依造你的材料或目標,又可以分成許多不同策略:像是RAD-Seq或Target-enrichment,底下也還有細分成不同方法,如[RAD seq之外] HyRAD & HyRADX就屬於在這個階層的範疇。

好,再來就幾篇文章可以先看:

RAD-Seq的原始使用,並非用在解決Phylogeny的領域,所以這幾篇介紹文獻,如2008年Baird等人寫的第一篇、第一次發表的RAD-Seq的文章,並沒有很好理解,畢竟他主要不是在做Phylogeny,但就經典就看看吧,算是對於RAD-Seq透測了解的知識:

Baird, Nathan A., et al. “Rapid SNP discovery and genetic mapping using sequenced RAD markers." PloS one 3.10 (2008): e3376.

Davey, John W., and Mark L. Blaxter. “RADSeq: next-generation population genetics." Briefings in functional genomics 9.5-6 (2010): 416-423.

接下來推薦一系列的文章,或是他其實是一本書。這本裡裡面有8個章節,八個大主題,很淺顯易懂,加上主題就是環繞在我們領域相關(Plant Systematics)以及NGS,讀起來也會比較輕鬆。雖然有點太淺顯,僅適合當入門閱讀,若要深入瞭解一些細節,就需要再自己找資料。裡頭的第六章就是介紹RAD-Seq。但可能要找找看,似乎太不好拿到電子檔。

Regnum Vegetabile Volume 158 Next-Generation Sequencing in Plant Systematics

這篇Nature的Review寫得很不錯,主要介紹了幾種RAD-Seq的不同變形。(我都戲稱他們為RAD-Seq家族),可以在弄懂了RAD-Seq的方法之後,擴展橫向知識的文章:

Andrews, K. R., Good, J. M., Miller, M. R., Luikart, G., & Hohenlohe, P. A. (2016). Harnessing the power of RADseq for ecological and evolutionary genomics. Nature Reviews Genetics17(2), 81.

關於使用RAD-Seq解決 維多利亞湖 慈鯛輻射演化的例子,這就是關於Phylogeny了,加上這類群又是非模式物種,和我的例子比較接近:(現在這類的應用已經非常廣泛,隨便找都有,只是就我讀的第一篇,內容也不會太艱澀)

Wagner, Catherine E., et al. “Genome‐wide RAD sequence data provide unprecedented resolution of species boundaries and relationships in the Lake Victoria cichlid adaptive radiation." Molecular ecology 22.3 (2013): 787-798.

再來就是在實驗操作RAD-Seq上(可以只看材料與方法部分即可),我是先看我的共同指導老師的文獻(中英文各一篇):

謝明修, 吳東鴻, and 陳凱儀. “使用限制酶位點標定之核酸定序法進行稉稻雜交組合之穗上發芽數量性狀基因座的遺傳定位." 作物, 環境與生物資訊, 11 (1): (2013): 11-25.

Chen, Ai-Lin, et al. “Reassessment of QTLs for late blight resistance in the tomato accession L3708 using a restriction site associated DNA (RAD) linkage map and highly aggressive isolates of Phytophthora infestans." PloS one 9.5 (2014): e96417.

 

以上幾篇就是先推薦給剛入門卻不知道要從何找起資料的你,可以先看看。這幾篇都看完之後,就會慢慢有方向,再來就可以去看看新一點的文章。RAD-Seq相關的文章,幾乎每個月都有新的文章,每次稍微找一下,都有最新的文章出爐(關於分析軟體、新的實驗流程、門檻值設定和缺值的探討、用在不同族群的應用等),最後就會讀出心得,尤其一開始對於一些專有名詞的混亂,這可能要稍微適應一下,在NGS這個領域到現在,無論是RAD-Seq或Target-enrichment,很多相同意思不同字,或是不同意思或同一字的情況很多,端看那篇文章採用哪一種,但也可以自己做一些筆記,幫助自己釐清。對了,上面有提到的Nature的Review(2016)中,旁邊的box裡有專有名詞解釋。

接下來我應該會再寫一篇關於RAD-Seq的Raw data整理和分析相關的文獻整理,先醬。

廣告

20180614 Linux 基本 筆記

[Linux] 新增修改刪除 管理 使用者/群組 指令

Linux 的 passwd 指令範例教學

主要會使用到的指令:

0.登入server

ssh barbara.pena@140.109.29.210

然後輸入密碼

 

1.指定 UID

假如我想創建使用者 test002 , UID 設為 1022

# useradd -u 1022 test002

 

2.變更使用者密碼

一般的使用者執行 passwd 即可變更自己的密碼:

passwd

而變更密碼之前,必須先輸入現行密碼:

正在變更 gtwang 的密碼。
(目前的)UNIX 密碼: 
輸入新的 UNIX 密碼: 
再次輸入新的 UNIX 密碼: 
passwd:密碼已成功地變更

如果是 root 管理者的話,可以變更任何使用者的密碼:

sudo passwd gtwang

 

3.到/home下面開啟個人資料夾

bochung@bochung:/home$ sudo mkdir /home/barbara.pena

並開啟他的權限

bochung@bochung:/home$ sudo chmod 777 home/barbara.pena

 

 

 

目前用戶:

id bochung
uid=1000(bochung) gid=1000(bochung) groups=1000(bochung),4(adm),24(cdrom),27(sudo),30(dip),46(plugdev),110(lxd),115(lpadmin),116(sambashare)

id yuhsin.tseng
uid=1001(yuhsin.tseng) gid=105(systemd-bus-proxy) groups=105(systemd-bus-proxy),27(sudo)

id LiuSH
uid=1002(LiuSH) gid=105(systemd-bus-proxy) groups=105(systemd-bus-proxy)

id champ
uid=1007(champ) gid=1007(champ) groups=1007(champ),27(sudo)